203795. lajstromszámú szabadalom • Eljárás DNS azonosítási vizsgálatok elvégzésére és tesztanyagként használható polinukleotidok előállítására
1 HU 203 795 B 2 ELSŐ DEFINÍCIÓ A következd általános képlettel megadható polinukleotidok, ahol a leolvasás iránya 5’—>3’: H.(J.core.K)n.L (1) ahol: a „core” olyan, legalább 6 egymást követő nukleotidból álló szekvenciát jelent, amely a kővetkező - fentivel megegyező leolvasási irányban megadott -szekvenciák egyike: GGAGGTGGGCAGGAXG (2) AGAGGTGGGCAGGTGG (3) GGAGGYGGGCAGGAGG (4) T(C)mGGAGGAXGG(G)pC (5A) T(C)mGGAGGA(A),GGGC (5B) ahol: X-A vagy G, Y-C vagy T, m-0,1 vagy 2, p-0 vagy 1, n-legalább 3; J és K együttesen 0-15 nukleotidhosszúságú szegélyezőszekvenciát jelent az ismétlődő egységen belük, H és L értéke 0, vagy legalább 1 további nukleotidot jelent, melyek az ismétlődő egységet szegélyezik, azzal a kiegészítéssel, hogy a) „core”, J és K nem feltétlenül azonos hosszúságú és összetételi szekvenciarészletet jelöl minden egyes (J.core.K) ismétlődő egységben; b) „core” jelenthet egy variáns „core”-szekvenciát is, c) az n darab ismétlődő egységben ténylegesen jelen lévő összes „core”-szekvencia legkevesebb 70% homológiát mutat az n darab ismétlődő egységben található összes „valódi core”-szekvenciával, melyet a fent megadott képletek (2-5) segítségével definiálhatunk; és a fentiekben definiált összes polinukleotid komplementere. MÁSODIK DEFINÍCIÓ A következő általános képlettel megadható polinukleotidok: H.(J.core.K)„.L (1) ahol: a „core” olyan 6-16 db egymást 5’—>3’ irányban követő nukleotidból álló szekvenciát jelent, amely megtalálható a) egy emberi vagy állati miniszatellit közös „core”szekvenciájában (5’—>3’ irányban), melyet úgy nyerhetünk, hogy humán vagy állati genomi DNS-t olyan hibridizációs próbával vizsgálunk, amely tartalmazza a mioglobingénből származó tandemismétlődést mutató szekvenciarészletet, ahol az ismétlődő egység közelítőleg 33 nukleotidból áll, b) egy második humán vagy állati miniszatellit közös „core”-szekvenciájában (5’-»3’ irányban), melyet úgy nyerhetünk, hogy a humán vagy állati DNS-t olyan hibridizációs próbával vizsgáljuk, ami olyan tandemismétlődő szekvenciát tartalmaz, melyben megtalálható az előbbi miniszatellit közös „core”-régiója, vagy c) egy harmadik humán vagy állati miniszatellit közös „core”-szekvenciájában (5’—>3’ irányban), melyet úgy nyerhetünk, hogy a humán vagy állati DNS-t olyan hibridizációs próbával vizsgáljuk, ami olyan tandemismétlődő szekvenciát tartalmaz, melyben megtalálható a második miniszatellit közös „core”-régiója, ahol minden említett tandemismétlődő szekvencia legalább 3 ismétlődő egységet tartalmaz, és a fentiekben definiált összes polinukleotid komplementere. HARMADIK DEFINÍCIÓ A kővetkező általános képlettel megadható polinukleotidok: H.(J.core.K)„.L (1) a „core” bármely olyan, legalább 6 egymást követő nukleotidból álló szekvenciát jelent, mely egy humán vagy állati genomi DNS-ből származó miniszatellit közös „core”-régiójának belsejében megtalálható, amely miniszatellit legalább 75%-ban, előnyösen 80%-ban konszenzus; a „core” nem feltétlenül jelöl minden ismétlődő egységben azonos szekvenciát, minden más jel a fent megadottak szerint értelmezendő, és a fentiekben definiált összes polinukleotid komplementere. NEGYEDIK DEFINÍCIÓ Olyan polinukleotidok, melyek legalább háromszoros ismétlődésben tartalmaznak egy 6-16 nukleotidból álló szekvenciát, amely magában foglal egy egymást követő (5*—>3’) nukleotidokból álló „core”-szekvenciát, amely a következő általános képlettel adható meg: (5’) GPGGGCWGGWXG (3’) (6) ahol: P-nem G, W-A vagy T és X-A vagy G a fenti „core”-szekvencia a képlettel megadottól kissé el is térhet, feltéve, hogy az összes ismétlődésben jelen lévő teljes „core”-szekvencia legalább 70%-os homológiát mutat ugyanannyi ismétlődő egység esetén, a (6) képlet alapján felírható „igazi core”-szekvenciával, és a fentiekben definiált összes polinukleotid komplementere. A fenti képletekben és mindenütt a továbbiakban a szekvenciák a szokásos 5’-»3’ irányban vannak megadva. A találmány vonatkozik minden DNS, RNS és bármely más olyan polinukleotidra, amely képes hibridizálni DNS-hez. A fentiekben definilált polinukleotidok jelöletlenek és lehetnek mind kettős szálú (ds) mind egyes szálú (ss) formában. A találmány vonatkozik mind egyes szálú jelölt polinukleotidokra - melyek hibridizációs próbaként használhatóak - mind azok jelölt, kettős szálú prekurzoraira, amiből az egyes szálú hibridizációs próbák előállíthatóak. Az oligonukleotidok előnyösen 32P izotóppal jelölhetőek bármely hagyományos eljárás szerint, de más egyéb, a hibridizációs irodalomban jól ismert módon is jelölhetőek, például biotinnal vagy hasonló vegyülettel D. C. Ward és mtsai módszere szerint, melynek leírása következő kötetben található: Proceedings of the 1981. ICN-UCLA Symposium on Developmental Biology using Purified Genes held in Keystone, Colorado on 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60* 4
