203795. lajstromszámú szabadalom • Eljárás DNS azonosítási vizsgálatok elvégzésére és tesztanyagként használható polinukleotidok előállítására
1 HU 203 795 B 2 March 15-20, 1981 Xm. kötet (1981) 647-658. oldal, Academic Press; szerkesztő: Donald D. Brown és mtsai., de jelölhetők enzimmel is, A. D. B. Malcolm és mtsai módszere szerint: Abstracts of the 604 th Biochemical Society Meeting, Cambridge, England (az 1983. július 1-i konferencia anyaga). A találmány tárgyát képezik továbbá olyan polinukleotid hibridizációs próbák, amelyek emberi vagy állati eredetű DNS- tartalmú minták eredetének meghatározására használhatóak, a találmány tehát e másik szempont szerint olyan polinukleotid hiridizációs próbákat ír le, jelzett, illetve marker komponenst is beleértve, amelyek emberi vagy állati eredetű DNS-tartalmú minták genetikai származásának meghatározásához használhatók. A hibridizációs próba olyan polinukleotidból áll, amely (a variánsokat is beleértve) legalább háromszoros tandemismétlődésben tartalmaz olyan szekvenciákat, melyek az emberi vagy állati genom valamely miniszatellit-régiójával olyan mértékű homológiát mutatnak, ami tehetővé teszi, hogy a hibricizációs próba egy megfelelő DNS-fragmentumhoz hibridizáljon, melyet a minta-DNS restrikciós endonukteázzal történő emésztése útján nyerünk, oly módon, hogy: a) minden ismétlődés tartalmaz egy ún. „core”-szekvenciát, amely legalább 70%-ban homológ egy hasonló hosszúságú ún. konszenzus-„core”-szekvenciával, amely a különböző genomi lókuszokból származó miniszatellitek többségében jelen van; b) a „core”-szekvencia 6-16 nukleotidhosszúságú; c) egy ismétlődő egységen belül a „core”-szekvenciához nem tartozó nukleotidok száma összesen nem haladja meg a 15-öt. A találmány magában foglal egy emberi vagy állati genomi DNS-minta azonosítására szolgáló eljárást is, miszerint az említett DNS-mintát a találmány tárgyát képező próbával hibridizáltatjuk, majd a hibridizáló fragmenteket kimutatjuk. A találmány eszerint magában foglalja: a cellurális anyagból származó teljes DNS-minta restrikciós endonukteázzal történő emésztését, a rendkívül variábilis DNS-firagmentumok hibridizációját a fent definiált hibridizációs próbával, amely jelölt, vagy marker komponenst és egy ismétlődő „core”-komponenst tartalmaz, és a különböző hosszúságú DNS-fragmentumokhoz kötődött jel, vagy marker mennyiségének meghatározását, vagy általánosabban: a különböző molekulaméreteknek megfelelő csíkokhoz kötött jel, vagy marker mennyiségének meghatározását. Általában a fragmentált DNS-mintát hibridizáció előtt a fragmentumok lánchosszúsága alapján szétválasztjuk, illetve csoportosítjuk, például gélelektroforézis útján, és a marker koncentrációját úgy választjuk meg, hogy a kapott mintázat, melynek egyes éteméi jellemző genetikai eredetűek, jellegzetes tegyen. Definíciók A leírásban és a fenti meghatározásokban használt fogalmakat az alábbiakban határozzuk meg. Hipervariábilis A humán, vagy állati DNS egy azonosított lókuszának, vagy helyének bizonyos régióját akkor nevezzük hipervariábilisnak, ha az sok különböző formában fordul elő, például hosszát, vagy szekvenciáját tekinteve. Restrikciós fragmentumhossz-polimorfivnus (RELP) Az RFLP elektroforézissel elválasztott humán, vagy állati DNS-fragmentumok és egy bizonyos próba hibridizációja útján kimutatott mintázat genetikai variációja. Polimorfikus Azt a gént, vagy más DNS-szakaszt, amely egyénről egyénre különböző, polimorfikusnak nevezzük. Ismétlődés, vagy tandemismétlődés (tandemismétlődő szekvencia) Olyan polinukleotid-szekvencia, amely pontosan, vagy pontatlanul többszörösen ismétlődik. Miniszatellit A humán, vagy állati DNS olyan régiója, amely egy rövid DNS-szekvencia tandemismétlődéseiből áll. Nem szükséges, hogy minden ismétlődő egység tökéletesen azonos tegyen. Tökéletes ismétlődés (tökéletes ismétlődéses szekvencia) Olyan szekvenciarészlet, amely egy adott szekvencia pontos másolataiból áll, ez általában egy „core”szekvencia, vagy egy olyan ismétlődő egység, amelyik „core”-szekvenciát tartalmaz. Konszenzus-,, core” -(szekvencia) Az a szekvencia, amellyel több különböző ismétlődő szekvencia a tehető legnagyobb egyezést mutatja; általában két, vagy több különböző fókuszból származó restrikciós fragmentum ismétlődési egységeinek összevetése alapján határozzák meg. Pontatlan ismétlődés (pontatlan ismétlődéses szekvencia) Olyan szekvencia, amelyben nem tökéletesen ismétlődik az ismétlődési egység a nukleotidok számát, vagy milyenségét illetően, de észrevehetően egy konszenzus-szekvencia ismétlődéseiből áll; mégpedig egy „core”-szekvencia, vagy egy „core”-t tartalmazó ismétlődési egység ismétlődéseiből. ®e Variáns Olyan szekvencia, amely egy bizonyos ismétlődő szekvenciától kismértékben különbözik (több mint 50%-os a homológia). „ Core ” -(szekvencia) Eredeti jelentése szerint a konszenzus ismétlődő szekvencián belüli rövid, egyértelmű DNS-szekvenciarészlet, amely minden olyan restrikciós fragmentumban megtalálható, melyeket a konszenzus ismétlődő szekvencia meghatározásánál felhasználtunk, és jelen van az ezekkel hibridizáló miniszatellitben is. Értelme5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 5
