203795. lajstromszámú szabadalom • Eljárás DNS azonosítási vizsgálatok elvégzésére és tesztanyagként használható polinukleotidok előállítására
1 HU 203 795 B 2 szekvenciát kell tartalmazniuk a sikeres „core” részeknek. így az E „core” reprezentálja a felhasználhatóság alsó határát, és feltehető, hogy más 6 nukleotidos szekvenciák alkalmazása csak lényegtelen előnyökkel jár, amint azt későbbiekben tárgyalandó TGGGCA szekvenciánál is láthatjuk. Hét nukleotidos szekvencia alkalmazása, a kutatás jelenlegi állása szerint, egészen drámai minőségi változást okoz. A „core”-szekvencia esszenciális részletei meghatározásának érdekében célszerű, ha az X és Y variánsait, melyeket az eddigiekben alternatív nukleotidok jelzésére használtunk, az alábbiak szerint teljes logikai csoporttá egészítjük ki: X-A vagy G P-nem G Y-C vagy T (Q-nem A) W-A vagy T (R-nem C) V-C vagy G (S-nem T) (O-bármi) A zárójelben szereplőket nem használjuk a következő diszkusszióban. A találmányt egy bizonyos megközelítésben egy polinukleotiddal jellemezhetjük, amely többszörösen tartalmazza az alábbi „core”- szekvenciát - a képletben a fenti terminológiát használjuk: GPGGGCWGGWXG (6) A fenti képlet természetesen a legjellemzőbb tizenkét nukleotidos szekvenciát jelöli. Azt már a korábbiakban bemutattuk, hogy a hétnukleotidos C „core” is igen nagy jelentőségű, ezért belevéve a fenti 12 nukleotidot tartalmazó szekvencia megengedett variánsait is az alábbi (7) szekvenciát kapjuk. A találmányt egy bizonyos megközelítésben jellemezhetjük egy olyan polinukleotiddal, amely többszörösen tartalmazza az alábbi hetes „core”-szekvenciát: PGGGCWG (7) Előnyösen P természetesen T-vel egyenlő, mint ahogy az a C „core”-ban megfigyelhető. A másik legkedvezőbb eset az, ha P jelentése A. Az egyértelműség kedvéért a homologicitást százalékosan is megadtuk a 3. táblázatban. Ami a leírásban megadott mesterséges hibridizációs próbákat illeti, meg kell jegyeznünk, hogy az ismétlődések pontos ismétlődések, így az egész miniszatellit homologicitása megadható „core”-szekvenciájának homologicitásával. Ez nem szükségszerűen igaz a korábbi 33.6, 33.15 és 33.5 próbákra - amelyeknél a megadott homologicitást zárlójefek közé tettük -, mivel ezekben variáns ismétlődő egységek is előfordulnak. Feltehetően az F „core”-homologicitása jelzi a felhasználhatósághoz szükséges minimális homologicitást, bár lehetséges, hogy a konszenzustól való eltérést a „core” részét képező alábbi központi rész megszakítása túlságosan felerősítette: TGGGCA (8) Figyelemre méltó az, hogy a fenti csoport jelen van a sikeres B, C, D hibridizációs próbákban, meg van szakítva az összes kevésbé hatékony próbában: A, E és F. A fentiek alapján várható, hogy további, még használhatóbb hibridizációs próbákat lehet előállítani, melyek minimum 70%-os összhomológiát kell hogy mutassanak a (6) képlet alapján felírható szekvenciával. Figyelemre méltó az is, hogy a (8) képletű TGGGCA központi 6 polinukleotid szintén megszakítva van jelen az E „core”-ban. így feltételezhető, hogy a fenti hatnukleotidos szekvencia folytonosan hatékonyabb lehet, habár a hosszúságnak hatról hétre való növelése fontosabb sajátosságnak bizonyulhat. A találmányt egy bizonyos megközelítésben jellemezhetjük egy olyan polinukleotiddal is, amely többszörösen tartalmazza a TGGGCA „core”-szekvenciát. A találmányt jellemezhetjük általánosabban egy olyan (6) képletű „első” defeníció szerinti polinukleotiddal, amelyben mindegyik ismétlődő szekvenciában jelen van a TGGGCA szekvencia. A találmánynak egy másik megközelítése szerint azt mondhatjuk, hogy a találmány magában foglalja a fenti „első” definíció szerinti polinukleotidok módosított változatait, melyekben a „core”-rész a korábbi (2) képlet szerinti szekvencia 5’->3’ irányban olvasott legalább 6 egymást követő nukleotidját tartalmazza. A „core”-oknak nem kell egyezőknek lenniük minden ismétlődő egységben, amennyiben mindegyik tartalmazza a TGGGCA szekvenciát. Előnyösen az összes ismétlődő egység további nukleotidjai legalább 70%-os egyezést mutatnak a (6), még előnyösebb esetében a (2) képletű szekvenciából levezethető összes ismétlődő egységre számított totál „core”-szekvenciával. Egy-, illetve kétpetéjüség meghatározása születéskor Az egy-, illetve kétpetéjüség meghatározása ikreknél nemcsak epidemiológiai, genetikai és szülészeti szempontból fontos, hanem az egy-, illetve kétpetéjűek prognózisának különbsége miatt is. A kétpetéjű ikrekhez képest az egypetéjű ikrek kisebb születési súlyúak, több komplikáció lép fel náluk, és mortalitásuk is magasabb. A kaukázusiaknál az újszülött ikrek kb. 30%-a különnemű, vagyis kétpetéjű. A magzatburok vizsgálata azt mutatja, hogy az esetek további 20%-a egy chorionos, ezek mindig egypetéjűek. A maradék 50%-ban (relative állandó arány a populációk között) az ikrek azonos neműek, a placenta diamnális, két chorionos, így ezek lehetnek akár egy-, akár kétpetéjűek. Ezekben az esetekben több módszerrel is kísérleteztek a zigoticitás megállapítására, beleértve az általános megjelenés, ujjlenyomat, bőrátültetés- és ízlelésvizsgálatét és genetikai maikerek meghatározását. Ez utóbbiak a legmegbízhatóbbak, 95-98%-os biztonságúak. Mindazonáltal gyakorta sok ilyen markért kell egyidjűleg vizsgálni, minthogy a legtöbb fehérje és antigénvariáns közül relatíve kevés mutat heterozigoticitást. A következő példákban 12 újszülött ikerpárból származó DNS-mintát vizsgáltunk a fentiekben ismertetett miniszatellit-DNS-próbák felhasználásával. A kapott DNS-ujjlenyomatok olyan variabilitást mutattak az egyedek között, hogy kizárólag csak az egypetéjű ikrek mutattak egyező mintákat. Annál a hét esetnél, aminél a zigoticitást a nem vagy a placenta vizsgálatával megállapítható volt, a DNS-vizsgálat eredménye megfelelt a találtaknak. A másik öt ikerpárnál és két hármasiker 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 25
