Ember Győző: Az 1848/49-i minisztérium levéltára (Magyar Országos Levéltár kiadványai, I. Levéltári leltárak 1. Budapest, 1950)
XI. Honvédelmi minisztérium irattára
A (hatáskör tisztázásával egyidőben megkezdődött a szervezet felépítése is. Megalakult a miniszteri vagy elnöki iroda, két új osztályt szerveztek, a katonaelhelyezési és mozdítási, valamint a katonanevelési és toborzási osztályokat, egyelőre még csak az osztályfőnököket nevezve kii, a már korábban felállított biztossági vagy polgári osztályon pedig betöltötték a tanácsosi állást. A szervezés erős ütemben folyt. Augusztus 10-én Melczer Andor ezredes személyében a király államtitkárt nevezett ki a miniszter mellé. Augusztus közepére, amikor nyomtatott schematismust tettek közzé, az osztályok száma hétre emelkedett. A nyomtatott Schematismus a következő osztályokat tünteti fel: miniszteri és államtitkári iroda, királyhágóntúli, katonamozdítási és elhelyezési, fegyverfelügyelői, hadügyészi, katonanevelési, újság-, valamint biztossági és polgári osztályok. A szeptemberi kormányválság idején Mészáros a verbászi táborban tartózkodott, nem mondott le. Tárcája vezetését Batthyány második lemondása és a honvédelmi bizottmány megalakulása után is megtartotta. Mint hadügyminiszter tagja lett a honvédelmi bizottmánynak, de annak munkájában kevés részt vett, inkább a minisztérium ügyeivel foglalkozott. A honvédelmi minisztérium fontossága, amint az események a fegyveres összeütközés, a szabadságharc felé vezettek, egyre növekedett. A szervezés munkája szakadatlanul folyt, új osztályok keletkeztek, régiek megszűntek vagy átalakultak. A munka eredményéről az a nagyszabású és részletesen (kidolgozott rendezési terv tájékoztat, amelyet Gombos László ezredes dolgozott ki és amelynek életbeléptetésére ő kapott felhatalmazást miniszterétől, 1848. december 2-án. Ekkor már megszűnt a különbség a sorkatonaság és a honvédsereg között. Kossuth Lajos, a honvédelmi bizottmány elnöke, a Közlöny november 29-i számában közölte az ország lakosaival, hogy: „Hadseregeink minden osztályai letévén az esküt az alkotmányra és felvévén a törvény értelmében a magyar színeket, a hajdani sorezredek és újon állított honvéd zászlóaljak közötti különbség ezennel megszűntnek s a magyar hadsereg osztatlan egységűnek jelentetik ki, melynek minden osztályait a magyar honvédsereg dicső nevezete egyaránt megillet". Ennek következtében értelmét vesztette a hadügyi kormányzat kettőssége, nem volt szükség többé az országos nemzetőrségi haditanácsra, amely addig a honvédség ügyeit intézte. A haditanácsot beolvasztották a honvédelmi minisztériumba, csak egy osztályát hagyták meg a nemzetőrségi ügyek intézésére. Ezt a nemzetőrségi osztályt a belügyminisztériumhoz szándékoztak csatolni, jóidéig azonban, egészen a Szemere-kormány megalakulásáig, a honvédelmi minisztérium keretében működött. A Gombos-féle rendezési terv így határozta meg a honvédelmi minisztérium feladatát: „A hadügyminisztérium fő igazgatási hatósága a hadseregnek, melytől minden, az összes katonaságot érdeklő rendelkezések veszik eredetöket. Ez gondoskodik a katonai testületek élelmezéséről, ruházatáról, fegyverzéséről, fölszereléséről, elszállásolásáról, stb., stb. és ez dönti el legfelsőbb föllebbezések esetében a hozzá felterjesztett kérdéseket.