Szilasi Ágota, H.: Egyház, tudomány, művészet. Ezer éves az Egri Egyházmegye (Eger, 2004)

ezt követően a várat saját tulajdonába vette, és kiszorította onnan a király embereit. Azok közé a magyar főurak közé tartozott, akik családjukkal együtt már 1530-ban csatlakoztak a reformációhoz. Noha ő 1542-ben fenti magatartása miatt felségárulás vádjával börtönbe került, az egri várat várnagyára, Varkoch Tamásra bízta, akinek nevéhez fűződött az első lutheránus eklézsia megszervezése Egerben. Az új hit itteni terjedésének rendkívüli módon kedvezett, hogy Frangepán Ferenc püspök halála után 1543-tól 1548-ig betöltetlen maradt az egri püspöki szék, és Oláh Miklós, a Mária özvegy királyné kíséretében Hollandiát megjárt rendkívüli műveltségű főpap - aki 1548- ban lett Eger püspöke - sem tartózkodott székhelyén, mert egyidejűleg kancellár is volt. Perényi börtönben történt halála után annak Gábor nevű fia kénytelen volt a várat a hozzátartozó birtokokkal együtt visszaadni Ferdinánd királynak.

1548-tól Dobó István lett a vár kapitánya. Ezzel megszűnt a protestáns uralom, hiszen maga Dobó katolikus volt. A püspöki jövedelmek nagy részét Oláh Miklós püspök korábbi áldozatkész felajánlása alapján továbbra is a várra kellett fordítani. Az egri vár jövedelmeit a király és a püspök által kötött szerződés alapján három részre kellett osztani: egyharmadát a püspökség élvezte, egyharmadát a vár megerősítésére, egyharmadát pedig a várőrség ellátására kellett költeni. Erre azért volt nagy szükség, mert Buda 1541-ben történt elfoglalása után a megmaradt országrész legfontosabb védőbástyája Eger lett, és az erődítményt fel kellett készíteni a várható ostromra. Dobó megkezdte a püspöki jövedelmek szigorú behajtását és a vár megerősítését. Tévedés azonban azt hinni, hogy Dobó nevéhez fűződik a várbeli katedrális megsemmisítése, hiszen az már a korábbi években, a protestánsok és a katolikusok közt dúló harcokban olyan károsodásokat szenvedett, hogy alkalmatlanná vált funkciójának betöltésére. Ettől kezdve az egyházmegye fő temploma a Szent Mihály plébániatemplom volt. A protestantizmus terjedésével és a katolikus egyház megújulásának szükségességével hozható összefüggésbe a jezsuita rend megalakulása, majd annak magyarországi megtelepítése 1560 körül, ami Oláh Miklós esztergomi érsek, korábbi egri püspök nevéhez fűződik.

Az új hit rohamos térhódítása mellett az oszmán birodalom terjeszkedése jelentette a legnagyobb veszélyt a püspökségre, illetve annak székhelyére.

Az 1552-es ostrom után a várkapitány utódok révén - különösképpen Mágóchy Gáspár segítségével - tovább terjedt a protestantizmus. Emiatt a püspök nélkül maradt káptalan a várból a Szent Mihály templomba szorult ki, de néhány év múlva onnan is menekülniük kellett. Amikor 1564-ben, az egri protestáns zsinatra Mágóchy meghívására maga Méliusz Juhász Péter megérkezett Debrecenből, helybeli katolikus papok híján már csak világi nemesekkel tudott hitvitát folytatni.

Eger török kézre kerülése után 91 évig az oszmán birodalom része és egy vilájetnek (közigazgatási egység) a központja lett. Kiterjedése igen nagy volt és 5 szandzsák (kisebb közigazgatási egység) tartozott a fennhatósága alá. A vilájet élén a pasa állott, a szandzsák élén pedig a bég. Az alárendelt szandzsákok székhelyei Eger mellett Hatvan, Szolnok, Balassagyarmat és Szeged voltak.

6