Horváth László (szerk.): Halbiológia és haltenyésztés (Mezőgazda Kiadó, Budapest, 2000)
1. Biológiai alapismeretek - 1.4 Orbán László: Molekuláris eljárások alkalmazása a haltenyésztésben
A legtöbb sejtmaggal rendelkező (eukarióta) élőlény genomjában több (tíz)ezer ismétlődő szakasz (repeat) található. Azokat, amelyekben az ismétlődő egység mérete 2-100 bázispár (bp) hosszúságú, összefoglaló néven VNTR-nek13 nevezzük. A miniszatellitek olyan 1-5 kb hosszúságú VNTR-ek, melyekben az ismétlődő szakasz mérete 15-100 bp. Minden ismétlődő egység közepén található egy 10-15 bp hosszúságú ún. magszekvencia (core). Az ismétlődések száma egy adott lókuszban nagyon változékony. Egyes tudósok szerint az ismétlődéssorozatok gyakrabban változnak, mint környezetük, polimorf mivoltuk többek között ennek is köszönhető. A DNS ujjlenyomat (DNA fingerprinting) eljárás a miniszatellit szekvenciák gyakoriságát és változékonyságát használja ki. Egy adott genomot a megfelelő restrikciós enzimmel14 feldarabolják, majd az így nyert fragmenteket agaróz gélelektroforé- zissel méretük alapján elválasztják egymástól. A gélen kapott mintázat teljesen összefüggő sávnak mutatkozik, egyedi csíkok nem lehet megfigyelni. Azonban miniszatellit szekvenciát rádioaktivan jelölt próbaként alkalmazva, hibridizációs vizsgálattal egy csíkmintázat nyerhető, mely alkalmassá teszi egyedek genetikai alapon történő elkülönítésére. A DNS ujjlenyomat módszere mára lassan kiszorul a mindennapi gyakorlatból. Meglehetősen nagy mennyiségű szövetre van szükség egy analízishez elegendő DNS izolálásához, ráadásul a vizsgálat sikere a DNS minőségétől is erősen függ. Az eljárás hosszadalmas, és a keletkezett fragmentmintázat általában meglehetősen bonyolult, ezért kiértékelése hibákkal terhelt. 1.4.3.3. A fclsokszorozással vizsgálható DNS markerek Ebbe a csoportba azok a DNS markerek tartoznak, melyeket csak a PCR reakció segítségével lehet vizsgálni. A miniszatellit markerek és a DNS ujjlenyomat Mikroszatellit markerek Amikroszatellit15 elnevezés 1-6 bázispárnyi ismétlődések sorozatát jelenti. A gerinces genomokban a két bázispáros ismétlődést tartalmazó, ún. dinukleotid típusú mikroszatellitek {pl. (CA)n) a leggyakoribbak, a mono- {pl. (A)n}, vagy pl. a tri- {pl. (CAG)n} vagy tetranukleotid {pl. (GACA)n} formák jóval ritkábban fordulnak elő. Halak genomjában a mikroszatellitek nagyjából egyenletesen oszlanak el, a becslések szerint átlagosan minden 10 kb szekvenciára jut egy ismétlődéssorozat. A mikroszatellit markerek analízise során a sokszorozásra használt PCR primerek nem magára az ismétlődéssorozatra, hanem az azt kétoldalról közrefogó ún. határo13 A változó számú összekapcsolt ismétlődés, angolul Variable Number Tandem Repeat kifejezés rövidítése. 14 Az enzim nem hasíthat bele a próbaként alkalmazandó miniszatellit magszekvenciájába. 15 Leggyakoribb angol megfelelői: microsatellite; Short Tandem Repeat (STR); Simple Sequence Repeat (SSR). 152
