Szinkovich Márta: A Területi Levéltárak fondjegyzékei 14. rész : A Baranya Megyei Levéltár fondjainak jegyzéke (A Magyar Állami Levéltárak fondjegyzéke III. Budapest, 1970)

Iratállománya azonban ismét nagy kárt szenvedett az 1543-ban bekövetkezett török hódoltság idején. A menekülő papság magával vitte a káptalani levéltár egyes darabjait, raig másik része a püspökvárban maradt és elpusztult.. A török elől menekülő papságot Dudich püspök megpróbálta Szigetvárra öszszegyüjteni, azonban a végleges tartózkodási hely - a török időközben megújuló támadásai miatt - Pozsony lett. A másfélszázados török uralom alatt a pécsi püspöki státus puszta cimmé vált, s jelentősége elsősorban a jogfolytonosság megőrzésében rejlett. Természetes tehát, hogy a káptalani testület sem volt valóságos szervezet, de elevenen élő hagyomány maradt. Ennek volt köszönhető, hogy amikor a török kiűzése után a püspökség visszatért Pécsre, a székeskáptalan is gyorsan reorganizálódott, s rövidesen újból megkezdte hiteleshelyi működését is. A mai levéltári anyagnak túlnyomó többsége a XVIII-XIX. században keletkezett. A korábbi /XVT-XYII. századi/ keltezésűek a XVIII. századi beszerzésekből, letétekből származnak. A levéltár anyaga jelenleg abban a mesterséges rendszerben van felállítva, amelyet a XVIII. század végén Koller József kanonok alakitott ki.