Budapest Főváros Levéltára Közleményei ’88 (Budapest, 1988)
IV. Levéltártörténet - Csík Gergely: Kovács Lajos életéről és levéltári működéséről (1900-1970)
meghirdetett főlevéltárosi állást, a székesfővárosi törvényhatósági bizottság közgyűlése 1944. jún. 21-én törvényesen megválasztott főlevéltárosnak jelentette ki. 16 1944 január elején - még az épitkezés alatt - megkezdődött az iratanyagnak a bazilikái óvóhelyre történő átszállítása, és májusra biztonságba került ott a székesfőváros becses iratanyaga, 17 majd az intézmények, közüzemek, kórházak stb. iratai, értékes berendezései és műkincsei is helyet kaptak az óvóhelyen. Júliusban a főlevéltáros Pomázon töltötte szabadságát, majd mikor a nyaralót bombatalálat érte, visszautazott Budapestre. Novemberben kiújuló gyomorfekélye kezelésére a Bethesda kórházba vonult, s a főváros ostromát a kórház óvóhelyén vészelte át, mignem 1945. jan. 10-én a szovjet csapatok felszabadították Zuglót. Jan. 18-án már munkahelyén dolgozott, amikor pár nappal később pusztitó tűzvész áldozatává lett a Városháza nagy része. A Levéltár irodahelyiségei és raktárai is teljesen kiégtek, s velük pusztultak az anyakönyvi másodpéldányok, választási iratok és vizjogi könyvek. Elpusztultak a központi segédhivatal által kezelt ügyosztályi iratok is, ezért leállították a levéltári selejtezést az 1934. évtől datált iratok vonatkozásában, miután a hadmüveleteket a Bazilika altemplomában átvészelt iratanyagból a székesfőváros egyes ügyeit rekonstruálni lehetett. Az 1703. évi budai és pesti kiváltságleveleket, a legrégebbi kézirásos és egyetlen példányú tanácsülési jegyzőkönyveket, polgárkönyveket, történeti értékű kéziratokat és végrendeleteket - a Levéltár legbecsesebb iratait annak idején végül is nem a bazilikái óvóhelyen helyezték el, hanem a Nemzeti Bank és a székesfőváros polgármestere között létrejött egyezmény alapján - öt ládába zárva - a Nemzeti Bank veszprémi sziklapincéjében rejtették el. E biztonságos hely adott menedéket többek között a Szent Koronának is. A felszabadulást követő leltárba vételnél sor került ezen iratok számbavételére is, azonban kiderült, hogy a ládák a veszprémi óvóhelyről ismeretlen helyre kerültek. A nyomozás során megállapították, hogy a ládák egy felső-ausztriai községben fellelhetők, s igy azokat később hiánytalan tartalmukkal együtt viszszaszállitották a levéltári páncélszobába. Kovács Lajos főlevéltárosi kinevezését, annak ellenére, hogy annak megerősítésére a Sztójay-kormány időszakában, tehát az ország német megszállását követően került sor - s igy 1945 után lényegében érvénytelennek volt tekinthető -, az 1943 decemberében adott megbizás alapján fenntartották. A Levéltár munkatársainak, csakúgy mint a Városháza többi alkalmazottjának, fő feladata a romeltakarítás lett. 1945 áprilisában a helyreállított középszárnyon ismét elfoglalhatta eredeti központját a főváros levéltára. Az elkövetkező időkben a legfontosabb teendő a korábbi városházi raktárhelyiségek helyrehozatala után a bazilikái óvóhelyen lévő iratanyag mielőbbi visszaszállítása lett volna, mivel az altemplomban azt nedvesedés és pusztulás fenyegette. Sürgetően követelte azt a racionális közigazgatás érdeke is: a levéltári alkalmazottainak idejét és energiájának javarészét az iratok nehézkes kezelése (a szük, nehezen hozzáférhető állványokon az iratokat csak roppant időveszteség árán lehetett szakszerű kiméletességgel kezelni) és szállítása emésztette fel. Az altemplomból kikerülő iratanyag elhelyezése eredetileg biztositottnak volt vélhető, mivel rendelkezésre álltak a régi raktárhelyiségek a Központi Városháza I. és II. udvarát lezáró keresztszárny első és második emeletén.