Bogyay Tamás: A jáki apátsági templom és a Szent Jakab-kápolna (Szombathely, 1943)
10 ,,zárdaszerű, két tornyú templom“-ot 50 márkára értékelték. Ugyanekkor a Jákon lévő 6 jobbágy teleknek összesen 6 márka volt az értéke. 1626. október 10-én a ksgyurak, Erdődy Bálint és Zsigmond, egyességet kötöttek, amely szerint többek közt a templom javításáról is kívántak gondoskodni. Valószínű, hogy nemcsak külső tatarozásra, hanem belső csinosításra is sor került. Talán ilyen munka emlékét őrzi azVegyik északí főhajóívnek 1637-es évszámot viselő és Theodosius Duchon nevet megörökítő festett felirata. A forrásokban közelebbről meg nem határozott időben, valószínűleg ^17. század közepe táján, a templom déli része állítólag villámcsapás következtében annyira megrongálódott,hogy a három déli pillért és a déli főhajófal jórészét újjá kellett építeni. ,/Folnay Ferenc apát (1643—1666) a hatvanas évek elején nemcsak a karokat hrrztaHielyrs, haneny jelentős átépítéseket/ is végeztetett, Ekkor kapta a templom azt az alakjaTAameiyben — lényegtelen változásokkal — egészirT az 1896—1904. évTAestanrálásig fennállott A hagyomány a sekrestye építését is Folnaynak tulajdonítja, aki ehhez állítólag a kolostor anyagát használta volna fel. Sokkal valószínűbb azonban, hogy csak a sekrestye és a déli mellékhajó feletti emelet készült el ekkor, mert a templom sekrestyéjéről már Gombos Balázs idejéből, a 16. század első feléből van adatunk. Stegmüller János kéziratos apátságtörténete a Folnav-féle__építkezések idejére teszi a kolostor végleges elpusztulását is. A kolostornak~ekkor azonban alighanem csak déli szárnyát bonthatták le. A Folnay-kapu ugyanis már pontosan az apátsági templom déli kapujának (középtengelyéhez igazodik, köztük tehát nem állhatott épület/JFolnay utóda, Zichy György apát (1666—1674) pedig több mint^iöPforíntot költött neíncsak- a' templom és tornyai tetőzetére, hanem- a kolostor ablakaira As. A kolostor romjai különben is csak a 18. szazad TnasodíkTelében tűntek el végleg. Zichy György idejében került elő a földből, valószínűleg az apátsági kertekben, az a két hatalmas római oszloptörzs is, amely ma a templomdomb északi lábánál van felállítva. Az 1697. évi legrégibb egyházlátogatási jegyzőkönyv adja a templom első részletes leírását, külön megemlítve a déli pillérek helyébe állított faltömböket, a hajók eltérő boltozatát, a déli mellékhajó és a sekrestye feletti cellákat és konyhafélét magába foglaló emeletet stb, Ekkoriban az egyik torony cseréppel, a másik fazsindellyel volt fedve. Az 1697-es egyházlátogatásí jegyzőkönyvben bukkan fel először, egy állítólagos alapítólevélre való hivatkozással, az a később közhitté vált alaptalan hagyomány, hogy a jáki apátságot még Szent István alapította. Az 1713. évi egyházlátogatási jegyzőkönyv szinte csak kivonata az 1697. évinek. A 18. század elején a templom csakhamar javításra szorult.
