A Debreceni Déri Múzeum Évkönyve 2005 (Debrecen, 2006)
Emlékezés a Bocskai-felkelés 400. évfordulójára - Kónya Péter: Bocskaiovo povstanie a evanjelická cirkev
Napriek tomu na stranu povstalcov sa nepostavili všetci evanjelická šľachtici. Vernosť panovníkovi zachoval aj taký neochvejný ochranca evanjelickej viery ako Jzuraj Thurzo a k hnutie sa nepridalo viacero slobodných kráľovských miest (medzi nimi Prešov). Popri iných dôvodov zotrvali v habsburskom tábore aj kvôli otvorenej podpore tureckej moci Bocskaiovi. Rudolf, resp. jeho brat veľkovojvoda Matej si uvedomoval dôležitosť náboženskej otázky a preto poveril rokovaniami práve Juraja Thurzu. Bocskaia na nich zastupoval ďalší evanjelický veľmož Štefan Illésházy Po dvoch rokoch vojny došlo tak v októbri 1606 k uzavretiu tzv. prvého viedenského mieru. Medzi jeho ustanoveniami mala svoje miesto aj otázky náboženskej slobody, ktorá mala byť zaručená nielen stavom, ale aj obyvateľom mestečiek a vojakom pohraničných hradov, avšak bez ujmy katolíckej cirkvi. Ďalšie problémy mal riešiť nasledujúci uhorský snem, ktorý bez súhlasu Rudolfa (medzitým bol prinútený vzdať sa českého a uhorského trónu) zvolal Matej na začiatok roku 1608 do Prcšporku. Náboženská sloboda bola zakotvená hneď v prvom zákonnom článku. Tento priznával právo na slobodné vyznávanie dobrovoľne prijatého náboženstva na celom území „pre barónov, magnátov, zemanov, slobodné kráľovské mestá a všetky stavy krajiny, ako aj pre uhorských vojakov v pohraničných hradoch a obyvateľov žijúcich v mestečkách a dedinách". Zakazoval pritom akékoľvek obmedzovanie v náboženstve. Druhý paragraf toho istého článku dával každému náboženstvu právo voliť si predstavených a superintendentov, čo vytvorilo právny základ pre vybudovanie pevnej cirkevnej organizácie protestantov v nasledujúcom období. Snem šiel pritom ďaleko za rámec svojej predlohy, keď neprijal článok o nedotknuteľnosti rímskokatolíckej cirkvi, jej kňazov a majetkov a rozšíril slobodu vyznania aj na poddaných (bývajúcich v mestečkách a dedinách). Veľmi dôležitý pre ďalšie postavenie evanjelických cirkví bol aj ôsmy článok snemu, podľa ktorého jezuiti nemohli na území Uhorska disponovať žiadnym nehnuteľným majetkom. S uplatňovaním slobody vyznania a ďalšími osudmi evanjelickej cirkvi na našom území súviseli vtedy aj iné rozhodnutia snemu. Väčšinu na sneme mali protestantskí delegáti oproti katolíckym, resp. vysokému kléru. Zabezpečiť zachovanie tejto väčšiny a majorizáciu katolíckej šľachty mala napomôcť zmena organizácie snemu, jeho pretvorenie na snem dvojkomorový r. 1609. Tým mali byť katolícki delegáti rozdelení do dvoch tabúľ, pričom vysoký klérus sa ocitol v hornej tabuli spolu s vtedy protestantskými magnátmi. Veľký význam pre ďalší vývin protestantizmu mala voľba nového palatína. Protestantské stavy zvolili do najvyššieho úradu v krajine Štefana Illésházyho a po ňom Juraja Thurzu. Nový palatín zabezpečil na niekoľko rokov nerušenú existenciu a rozvoj evanjelickej cirkvi v Uhorsku, sklamal však akékoľvek očakávania, ktoré do jeho voľby vkladali príslušníci protihabsburskej opozície doma i v zahraničí. Thurzo sa stal nádejou aj pre vtedy už potláčaných evanjelikov v susedných krajinách. Rakúske a moravské evanjelické stavy sa prostredníctvom neho usilovali o odstráneniekonfesijných krívd a dosiahnutie garancií náboženskej slobody. Palatín naozaj neraz intervenoval v ich prospech na sneme i u panovníka, jeho prohabsburská orientácie a lojalita mu však zabránila v ostrejšom postupe proti Matejovi a umožnila ďalšie pokračovanie protireformácie v západnej časti habsburskej ríše. Nespornou zásluhou palatína Juraja Thurzu je dovŕšenie organizačného konštituovania evanjelickej cirkvi, a. v. na celom území krajiny. Aj keď ešte v priebehu 16. storočia zvíťazila reformácia na väčšine Uhorska a počet evanjelických zborov mnohonásobne prevyšoval katolícke farnosti, ešte aj na prahu 17. storočia bola rímskokatolícka cirkevná organizácia, aj keď bez duší, jedinou v krajine. Evanjelici dlho nedisponovali vlastnou organizáciou, ba nemali ani jednotnú agendu, ako aj bohoslužobné a školské pravidlá. Na niektorých miestach neexistovali dokonca ani podstatnejšie rozdiely medzi luteránskymi a kalvínskymi zbormi a došlo aj k pokusom o zjednotenie oboch evanjelických vyznaní. Pritom rímskokatolícki biskupi si naďalej robili nároky na desiatky, ako aj poplatky od evanjelických farárov a rektorov, pričom ich často aj poberali. Táto situácia bola neúnosná nielen z aspektu ďalšieho vývinu evanjelickej cirkvi a. v. v krajine (aspoň 41