Hidrológiai Közlöny, 2015 (95. évfolyam)

2015 / 5-6. különszám - LVI. Hidrobiológus Napok előadásai

74

HIDROLÓGIAI KÖZLÖNY 2015. 95. ÉVF. 5-6. SZ.

keletkező termékek tisztaságát Agilent High Sensitivity DNA Kittel 2100 Bioanalyzer készüléken (Agilent) ellenőriztük. A szekvenálást megelőző emulziós PCR-t Ion PGM Template OT2 200 Kittel (Life Technologies) végeztük a gyártó utasításainak megfelelően. A fragmensek bázissorrendjének meghatározása Ion PGM Sequencing v2 Kit-tel (Life Technologies) Ion 314 (Life Technologies) chipen történt Ion PGM (Life Technologies) készüléken. A kapott DNS szekvenciákat az MG-RAST szerver (Meyer és mtsai., 2008) segítségével rendeltük hozzá ismert fehérjekódoló szekvenciákhoz, további minőségi szűrésként a szerver javasolt alapbeállításait használva.

Eredmények és értékelésük

A mintavételkor a helyszínen mért és később a laborban meghatározott jellemzőket az 1. táblázat tartalmazza.

Az amplikon könyvtár bázissorrendjének meghatározásakor 6350 megfelelő minőségű szekvenciát kaptunk, ezek taxonómiai eloszlása nemzetség szintig az 1. ábrán látható. A 16S rRNS gén szekvenciáknál használt 97 %- os egyezés alapján összesen 285 csoportot kaptunk, ami a prokarióta taxonómiában megfeleltethető a faj rendszertani kategóriának (Tindall és mtsai., 2010).

A mintában a Proteobacteria törzs (31%) Alphaprote- obacteria (18 %), Betaproteobacteria (10 %) és Gamma- proteobacteria (2 %) osztályai, az Actinobacteria törzs Actinobacteria osztálya (28 %), a Bacteroidetes törzs (23 %) Sphingobacteria (17 %) és Flavobacteria (4 %) osztályai, valamint a Verrucomicrobia törzs (6%) és a TM7 Candidatus törzs (5 %) tagjai domináltak. Nemzetség szinten leggyakoribb volt a fotoheterotróf Candidatus A- quiluna (Kang és mtsai., 2012), a heterotróf Gracilimonas (Wang és mtsai., 2013), a kemoorganotróf Ulvibac- ter és Belliella (Baek és mtsai., 2014; Brettar és mtsai.,

2004), a bíbor nemkén baktérium Rhodobacter (Imhoff és mtsai., 1984), az anoxikus fototróf Roseovarius (Lab- renz és Hirsch, 2005), a kemoorganotróf vagy kemolito- tróf anyagcserével rendelkező Hydrogenophaga (Willems és Gillis, 2005), továbbá a TM7 Candidatus phylum, a Rhizobiales rend, az Acidimicrobiaceae és a Ver- rucomicrobiaceae család leíratlan vagy tenyésztésbe eddig nem vont képviselői.

1. tálázat. A Büdös-szék vizének Umnológiai jellemzői 2012. november 27-én

Vízmélység

2 cm

pH

9,16

Vezetőképesség

4670 gS/cm

Szerves lebegőanyag

5300 mg/L

nh4+

0,70 mg/L

NO,'

270 mg/L

P043'

7,8 mg/L

S042'

311 mg/L

a-klorofill

59,6 pg/L

Pikoeukarióta alga abundancia*

20.000 sejt/mL

*az autotróf pikoplankton kizárólagos pikoeukarióta dominanciát mutatott

Az alkalmazott shotgun metagenomikai megközelítéssel összesen 105 Mbp (637.468 db, átlag 164 ± 52 bp hosszú) DNS szekvencia adatot nyertünk, majd a továbbiakban a minőségi szűréseket követően kapott 45 Mbp méretű adathalmazzal dolgoztunk. Végeredményben 81.252 megfelelő minőségű leolvasást, az eredeti szekvencia halmaz 12,7 %-át sikerült azonosítani adatbázisokban található ismert fehérjéket kódoló vagy riboszo- mális RNS gén szekvenciákkal.

1. ábra. A Büdös-szék planktonikus bakteriális közösségének filogenetikai eloszlása nemzetség szintig a 16S rRNS gén alapján

E szekvenciák többsége (79%) a Bacteria doménen belül került filogenetikai hozzárendelésre, 4 % virális, 2 % eukarióta és 0,5 % Archaea eredetű, 14 % pedig nem volt azonosítható. A baktériumok közül a Proteobacteria törzs (44 %) Betaproteobacteria (19 %), Alphaproteobacteria (11-%) és Gammaproteobacteria (10-%) osztályaihoz, valamint a Bacteroidetes törzs (34 %) Flavobacteria (13 %) és Sphingobacteria (12%) osztályainak tagjaihoz történt a szekvenciák többségének hozzárendelése. Ezek az arányok hasonlóak a bakteriális 16S rRNS gén ampli-