Katolikus Főgimnázium, Gyulafehérvár, 1910
92 végett 1588. december 10-re Medgyesre országgyűlést hirdet, melyen a jezsuiták kiűzetésének kérdése körül folyt a legizgalmasabb vita. Végre kivágták a protestáns rendek legerősebb ütőkártyájukat: „könnyebben kap Erdély magának fejedelmet, mint a fejedelem országot.“ Ezzel megtörték Zsigmond ellenállását, aki fájó szívvel bár, kénytelen volt aláírni a kiutasító határozatot. A tagok még decemberben elhagyták Fehérvárt; iskolájuk megszűnt a kongregációval együtt s a protestánsok tettek kezet mindenre. Cár illő Alfonz spanyol származású jezsuita Aquaviva generális parancsára 1591. januárban Erdélybe kerül, hogy előkészítse a jezsuitáknak visszahívását. A fejedelem ugyanis nem tudta nélkülözni őket s- legalább titokban tanácsaikat használni akarta. Carillo 1591. április 6-án érkezett Gyulafehérvárra, a Moldvából visszahívott Vásárhelyi Gergely és Ladó Bálint atyákkal; világi papnak vallva magát, átvette az iskola vezetését rendje szabályai szerint. Alkalmazott más tanítókat is, kik nem voltak a rendből valók. Ő maga nem tudott magyarul. Carillo a kongregációt nem igen újíthatta föl, mert az lett volna a legbiztosabb jel, hogy a protestánsok felismerjék benne és társaiban a jezsuitát. Hogy felismerhetlen legyen, magyar kanonoki ruhát készíttetett magának és társainak. Később megtudták a protestánsok, hogy jezsuiták lappanganak a kanonoki reverenda alatt, de nem mertek a fejedelemnek szemrehányásokat tenni, főleg mikor látták, hogy csak hárman vannak s számuk nem szaporodik. Később 1595. április havában a fehérvári országgyűlésen megjelent rendek eltörlik a medgyesi határozatot s megengedik Zsigtnondnak, hogy újból visszatelepíthesse a rendet három helyre. Kétségtelen, hogy most már a megnagyobbított iskolával egyszerre újul meg a kongregáció is, de ismét csak néhány évre, mivel a fejedelemségről 1598-ban lemondott Báthory Zsigmond távozásával a fehérvári protestánsok még azon év szeptember havában kiűzik Fehérvárról a tagokat önkényűleg. Báthory Endre bíboros, erdélyi fejedelem fél év múlva ugyan visszahozza őket, de a kongregáció felújítására alig gondolhatnak az atyák, kiknek állandón fejük felett lóg az újból való kiutasítás veszedelmének Damokles-kardja.