A magyarországi ág. hitv. evang. keresztény egyház névtára 1903. (Sopron, 1903)
E szép és reményteljes fejlődést megakasztja a XIX. század közepén a szabadságharca letiprása után bekövetkezett gyászos időszak. Az iskola, mert a Thun-féle tanrendszert német tanítási nyelvvel elfogadni nem akarta, elvesztette nyilvánossági jogát és a törvénytelen hatalom magán tanintézetnek nyilvánította. Mind a mellett az iskola ezen megalázott állapotában is szervezkedett. Az egyöntetűség végett a hatalom tanrendszerével megegyező középiskolai tanrendszer lép életbe — magyar tannyelvvel. A középiskola nyolcz különálló osztályra oszlik, melyben 10 tanerő tanít. 1855-ben az intézet új, immár harmadik hajlékot kap. A század kiválóbb tanerői: Kovács-Martini Gábor, Fábry István, Zsigmondy Sámuel, Grósz István, Gregusz Mihály, Michnay Endre, Németh Sándor, Lehr Zsigmond, Tamaskó István, Boleman István, Lichner Pál, Grailich József, Fuchs Albert, Bothár Dániel, Csecsetka Sámuel, Michaelis Vilmos. A különböző tudományszakok kibővülése folytán az iskola egységes szervezetéből már 1847-ben kivált az elemi iskola és önállóan szervezkedett, 1882-ben pedig a theologiai tanintézet vált külön és mint „a magyarhoni ág. hitv. evangelikus egyetemes egyház theologiai akadémiája", melynek fenntartására azonban a pozsonyi ev. egyház járul a legjelentékenyebb részszel, folytatja üdvös működését. Az egykori lyceumból csak a nyolczosztályú középiskola maradt meg. Az intézet jótevői voltak a fenntartó pozsonyi evang. egyházon kívül : Szegner András, Roeszlerl András, özv. Skaricza Gáborné, Palm báróné, Jeszenák Pál és Jeszenák János, Skaricza Gábor, Institoris-Mossóczy Mihály, a Zay család, Royltó Sámuel, özv. Glosius Dánielné, Fekete János, Káldy Miklós, Jeszenszky József, Habermayer Rezső stb. 1895-ben a fenntartó egyház az 1883. évi XXX. t.-cz. 47. §-a értelmében a lyceum számára igénybe vette az államsegélyt évenkinti 32.000 koronával és egyszer s mindenkorra 160,000 korona építési segélylyel, kötelezvén magát 16 tanerő eltartására és az intézetnek minden szükséges dolgokkal való ellátására. Az állammal kötött szerződés folyományaként 1896-ban az egyház a lyceumnak új és minden tekintetben czélszerű és díszes épületet emelt mintegy 390.000 korona értékben. E díszes épület a lyceum negyedik hajléka. Az iskola fenntartója a pozsonyi egyház. Fenntartásához hozzájárul az államsegély és a befolyó tandíjak, némi segélyben részesíti a dunáninneni egyházkerület és a magyarhoni egyetemes egyház. A lyceum nagy könyvtára mintegy 44.000 kötetből áll, fenntartására 1 évenként 1500 korona fordíttatik. Ezen kívül van az intézetnek gazdag, a hazában párját ritkító éremgyüjteménye (Schimkoianum), bőségesen felszerelt physikai, természetrajzi, philologiai és történelem-földrajzi gyűjteménye, melyek fenntartására és gyarapítására évenként tekintélyes összeg fordíttatik. Ifjúsági önsegélyző-intézete 19.722 K 42 fillér tőkével rendelkezik,