Református főgimnázium, Debrecen, 1907
20 tragédia hőse, akkor bukott el, mikor hatalmas erőfeszítés árán már a viszonyok urának gondolta magát. Nemsokára egy másik súlyos vereség érte. 1791 szept. 14-én megkezdődött Budán a következményeiben igen jelentős nemzeti zsinat, melyen éppen az egyházkormányzat vitás kérdései kerültek rendezés alá. Sinay semmiképen sem akart elmaradni róla, hiszen éppen azok az elvek kerülnek majd erős vitatás alá, melyeknek egész életén át szenvedélyes harcosa, aggkorára áldozata volt. A debreceni egyházmegyével felküldette tehát magát a zsinatra, mint a tractus képviselőjét. A superintendentia azonban ugyanezen tractus részéről más deputatusokat rendelt ki s így Sinay megbízatását, mint akit az egyházmegye felsőbb hatósága ellenére küldött fel, sőt megbízó levelében személyéről, mint superintendensről szólott, a megbízó levelek hitelességét megállapító bizottság nem fogadta el érvényesnek és Sinayt a zsinatra egyszerűen be sem bocsátotta. Sőt azon egyházmegyék küldötteit sem, melyek Sinayt püspökké választották, mindaddig, míg Hunyadi hűségére nem tértek. Sok mindent megpróbált Sinay, hogy a zsinatra bejuthasson, mely esetben óriási tudásának latba vetésével igen sok kellemetlenséget okozhatott volna a viták során vezérszerepet vivő világiaknak, de törekvése sikertelen maradt. Be kellett érnie azzal a vajmi kevés eredménnyel kecsegtető tiltakozó irattal, melyet a zsinat végzései ellen a királynál és nádornál benyújtott. Sinay élete ettől kezdve szomorú vergődés. Egy darabig még a püspökségért, később, mikor maga is belátta, hogy délibábot kerget, legalább azért, hogy tanári hivatalától s ezzel együtt kenyerétől meg ne fosszák. A Hunyadit székében megerősítő királyi leírat egyszersmind kérdést intézett a superendentiához, adja okát, miért akarja Sinayt a tanárságból is kitenni. Ekkor egy fölterjesztést küldöttek a kancelláriához, melyben Sinayt mint tanárt és magánembert sok mindenféle súlyos váddal illették, hogy szigorú eljárásuknak magyarázatát adják. Sinay ekkoriban már teljesen magára maradt, pártját fogni senki sem merte. Titokban biztatták, bátorították ugyan régi párthívei, de nyíltan szót emelni érte senkinek sem volt bátorsága. Az ő dacos, kemény jellemét ez az elszigeteltség meg nem törte. A harcot, melybe belement, egyedül is küzdötte tovább rendületlenül. A vádakra cáfoló iratokkal felelt, sokszor járt az udvarnál,