Die Geschäftsbücher des Hofkriegsrates sind nahezu vollständig erhalten geblieben, die Akten hingegen wurden stark skartiert bzw. haben sich außerhalb der Hauptreihe in den Sonderreihen des Bestands „Hofkriegsrat“ bzw. in anderen Beständen des Kriegsarchivs (vor allem in den „Alten Feldakten“) erhalten. Für den Zeitraum 1557 bis 1700 sind nur mehr 75 Kartons Akten, nach jüngeren Schätzungen vielleicht 1-2 Prozent des tatsächlich produzierten Schriftgutes, vorhanden. Erst ab etwa 1770 nimmt die Zahl der erhaltenen Akten sprunghaft zu.

Bis in die 1760er Jahre stellen also die nun online verfügbaren Bände für die Benützerinnen und Benützer ein unersetzliches Quellenmaterial dar. Die riesige Informationsmenge ist zudem zeitlich und territorial sehr vielfältig. Die Bände beinhalten Informationen zu allen Ländern der Habsburgermonarchie, insbesondere zu den österreichischen und böhmischen Erbländern und den Ländern der Stephanskrone, und beziehen sich auf fast alle heutigen ost- bzw. mitteleuropäischen Länder, speziell auf deren Kriegs-, Verwaltungs-, Wirtschafts-, Sozial- und Finanzgeschichte. Der Hofkriegsrat war bis zur Mitte des 18. Jahrhunderts zudem für die Ostdiplomatie der Habsburgermonarchie (und die diplomatische Korrespondenz mit dem Osmanischen Reich) zuständig.

Der Hofkriegsrat führte 1557–1712 eine einfache Zahlenregistratur. In jedem Monat beginnt die Zahlenfolge neu zu laufen. Bearbeitet wurden die Aktenstücke in drei Kanzleien mit getrennten Kanzleibüchern (Protokollen).

1. Expedit (Einlauf)

2. Registratur (Auslauf)

3. Justiz (eigene Justizexpeditprotokolle sind für die Jahre 1690–1693 und geschlossen ab 1704 erhalten)

1753–1761 hört die Teilung in Expedit und Registratur auf; Auslauf und Einlauf zu einer Geschäftssache sind nunmehr unter einer Signatur vereinigt (in publicis). Gesondert bleiben die Protokolle der Justizabteilung (in justitialibus, Justizprotokolle), und zwar nunmehr getrennt nach Expedit (auch "Tabelle" genannt) und Registratur. Die Akten in publicis werden nicht mehr rein nach Monaten hinterlegt, sondern nach 126 Sachgruppen (Rubriken, damals "acta" genannt), innerhalb der Rubriken nach Monaten und Nummern. Die Nummerierung erfolgte aber weiterhin monatsweise (ohne Rücksicht auf die Rubrikeneinteilung), registriert wurden die Erledigungen unter der Nummer des Einlaufs. Die Justizakten Expedit und Registratur wurden gemeinsam unter der Rubrik 126 gesammelt. 1762–1766 kehrt der Hofkriegsrat zur Hinterlegung in Gestalt einer Zahlenregistratur auf chronologischer Grundlage zurück. Das Rubrikensystem wird aufgegeben. Die Ablage erfolgt wieder monatsweise nach Nummern. 1767–1768: Die Aktenhinterlegung folgt jetzt neuerlich einem einfachen, auf 70 Rubriken ("rubrica") beschränkten Rubrikensystem (mit monatsweiser Numerierung).Bei Herrscherreisen konnte es zusätzlich zu getrennter Protokollführung kommen, einerseits durch die mitreisenden HKR-Bediensteten, andererseits durch den "hinterlassenen Hofkriegsrat" in Wien.

Die Indices sind den Protokollen zunächst beigebunden, mit zunehmendem Umfang bilden sie dann eigene Bände. Die Stichworte sind phonetisch auf den ersten Buchstaben und unter Auslassung zwischenstehender Konsonanten auf den ersten Vokal (B-a, B-e, B-i, B-o, B-u) angeordnet.

In der Zeitspanne 1573–1644 wurde für wichtige Absender und Empfänger am Beginn des Protokolls Platz reserviert. Als Gliederungselemente dienten dabei Namen, aber auch Funktionsbezeichnungen (Kaiser, Erzherzöge, Hofkammer, Raab ...). 1656 ging man wieder zu einer rein chronologischen Gliederung über, gestaltete aber gleichzeitig auch die Indexführung dichter.

Suchoptionen: Die im Index unter einem Namen, Ort oder Begriff gefundenen Zahlen verweisen auf das Folio des entsprechenden Protokollbandes. Dort finden sich eine Kurzzusammenfassung der betreffenden Angelegenheit sowie die Signatur, die aus Jahr – Monat – Numerus besteht. Unter dieser Signatur wurde das Schriftstück in der jeweiligen Aktenreihe (Serie) abgelegt.

Erhaltene Akten sind im Protokoll in der Regel mit einem roten "a" (auch "ass." oder "asserv." für "asserviert") markiert. Skartierte Schriftstücke wurden im Protokoll vielfach, aber keineswegs konsequent mit Rötelstift gestrichen, mit dem Vermerk "cass." versehen oder stehen einfach ohne den "Asserviert"-Vermerk.

Eine detaillierte Beschreibung zum Bestand Hofkriegsrat und zur Benützung der Hofkriegsratsbände ist dem Archivinformationssystem des Österreichischen Staatsarchivs zu entnehmen:

https://www.archivinformationssystem.at/detail.aspx?ID=4729

2022 wurden die Jahrgänge 1557–1712 und 1736–1768 online zugänglich gemacht. Die Digitalisierung der Jahrgänge 1713–1736 ist schon fertig, die online Stellung wird fortgesetzt.